loci.formats.in Class Hierarchy (Bio-Formats API)

Package Hierarchies:

All Packages

Class Hierarchy

java.lang.Object
- java.util.AbstractMap<K,V> (implements java.util.Map<K,V>)
  - java.util.HashMap<K,V> (implements java.lang.Cloneable, java.util.Map<K,V>, java.io.Serializable)
    - loci.formats.in.PrairieMetadata.ValueTable (implements loci.formats.in.PrairieMetadata.Value)
- loci.formats.in.AmiraReader.ASCII (implements loci.formats.in.AmiraReader.PlaneReader)
- loci.formats.in.AmiraReader.HxRLE (implements loci.formats.in.AmiraReader.PlaneReader)
- loci.formats.in.AmiraReader.HxZip (implements loci.formats.in.AmiraReader.PlaneReader)
- loci.formats.in.APNGReader.PNGBlock
- loci.formats.in.BaseZeissReader.Layer
- loci.formats.in.BaseZeissReader.Shape
- loci.formats.in.BaseZeissReader.Tag
- loci.formats.in.BDVReader.H5Constants
- loci.formats.in.BDVReader.H5Coordinate
- loci.formats.in.BioRadReader.Note
- loci.formats.in.CellH5Reader.CellH5Constants
- loci.formats.in.CellH5Reader.CellH5Coordinate
- loci.formats.in.CellomicsReader.ChannelFile
- loci.formats.in.CellSensReader.Pyramid
- loci.formats.in.CellSensReader.TileCoordinate
- loci.formats.in.CellVoyagerReader.AreaInfo
- loci.formats.in.CellVoyagerReader.ChannelInfo
- loci.formats.in.CellVoyagerReader.FieldInfo
- loci.formats.in.CellVoyagerReader.WellInfo
- loci.formats.in.ColumbusReader.Plane
- loci.formats.CoreMetadata (implements java.lang.Cloneable)
  - loci.formats.in.OMETiffReader.OMETiffCoreMetadata
  - loci.formats.in.SVSCoreMetadata
- loci.formats.in.CV7000Reader.Channel
- loci.formats.in.CV7000Reader.Field
- loci.formats.in.CV7000Reader.LightSource
- loci.formats.in.CV7000Reader.MinMax
- loci.formats.in.CV7000Reader.Plane
- org.xml.sax.helpers.DefaultHandler (implements org.xml.sax.ContentHandler, org.xml.sax.DTDHandler, org.xml.sax.EntityResolver, org.xml.sax.ErrorHandler)
  - loci.common.xml.BaseHandler
    - loci.formats.in.AFIReader.AFIHandler
    - loci.formats.in.BDVReader.BDVXMLHandler
    - loci.formats.in.BioRadReader.BioRadHandler
    - loci.formats.in.BioRadSCNReader.SCNHandler
    - loci.formats.in.ColumbusReader.MeasurementHandler
    - loci.formats.in.CV7000Reader.MeasurementDataHandler
    - loci.formats.in.CV7000Reader.MeasurementDetailHandler
    - loci.formats.in.CV7000Reader.MeasurementSettingsHandler
    - loci.formats.in.CV7000Reader.WPIHandler
    - loci.formats.in.FEITiffReader.FEIHandler
    - loci.formats.in.FlexReader.FlexHandler
    - loci.formats.in.FlexReader.MeaHandler
    - loci.formats.in.FlexReader.ResHandler
    - loci.formats.in.ImaconReader.ImaconHandler
    - loci.formats.in.InCellReader.InCellHandler
    - loci.formats.in.InCellReader.MinimalInCellHandler
    - loci.formats.in.IvisionReader.IvisionHandler
    - loci.formats.in.LeicaHandler
    - loci.formats.in.MetamorphHandler
    - loci.formats.in.MicromanagerReader.MicromanagerHandler
    - loci.formats.in.ND2Handler
    - loci.formats.in.OMEXMLReader.OMEXMLHandler
    - loci.formats.in.OperettaReader.OperettaHandler
    - loci.formats.in.ScanrReader.ScanrHandler
  - loci.formats.in.LeicaSCNReader.LeicaSCNHandler
  - loci.formats.in.ZeissTIFFHandler
- loci.formats.in.DefaultMetadataOptions (implements loci.formats.in.MetadataOptions)
- loci.formats.in.DeltavisionReader.DVExtHdrFields
- loci.formats.in.DynamicMetadataOptions (implements loci.formats.in.MetadataOptions)
- loci.formats.in.FakeReader.TextLine
- loci.formats.in.FlexReader.FilterGroup
- loci.formats.in.FlexReader.FlexFile
- loci.formats.FormatHandler (implements loci.formats.IFormatHandler)
  - loci.formats.FormatReader (implements loci.formats.IFormatReader)
    - loci.formats.in.AFIReader
    - loci.formats.in.AIMReader
    - loci.formats.in.AliconaReader
    - loci.formats.in.AmiraReader
    - loci.formats.in.AnalyzeReader
    - loci.formats.in.APLReader
    - loci.formats.in.APNGReader
    - loci.formats.in.ARFReader
    - loci.formats.in.AVIReader
    - loci.formats.in.BaseZeissReader
      - loci.formats.in.ZeissTIFFReader
      - loci.formats.in.ZeissZVIReader
    - loci.formats.in.BDReader
    - loci.formats.in.BDVReader
    - loci.formats.in.BIFormatReader
      - loci.formats.in.ImageIOReader
        
        loci.formats.in.JPEGReader.DefaultJPEGReader
      - loci.formats.in.MNGReader
      - loci.formats.in.TiffJAIReader
    - loci.formats.in.BioRadGelReader
    - loci.formats.in.BioRadReader
    - loci.formats.in.BioRadSCNReader
    - loci.formats.in.BMPReader
    - loci.formats.in.BrukerReader
    - loci.formats.in.BurleighReader
    - loci.formats.in.CanonRawReader
    - loci.formats.in.CellH5Reader
    - loci.formats.in.CellomicsReader
    - loci.formats.in.CellSensReader
    - loci.formats.in.CellVoyagerReader
    - loci.formats.in.CellWorxReader
      - loci.formats.in.MetaxpressTiffReader
    - loci.formats.in.ColumbusReader
    - loci.formats.in.CV7000Reader
    - loci.formats.in.DCIMGReader
    - loci.formats.DelegateReader
      - loci.formats.in.JPEGReader
      - loci.formats.in.TiffDelegateReader
    - loci.formats.in.DeltavisionReader
      - loci.formats.in.RCPNLReader
    - loci.formats.in.Ecat7Reader
    - loci.formats.in.EPSReader
    - loci.formats.in.FakeReader
    - loci.formats.in.FEIReader
    - loci.formats.in.FitsReader
    - loci.formats.in.FlexReader
    - loci.formats.in.FlowSightReader
    - loci.formats.in.FujiReader
    - loci.formats.in.FV1000Reader
    - loci.formats.in.GatanDM2Reader
    - loci.formats.in.GatanReader
    - loci.formats.in.GIFReader
    - loci.formats.in.HamamatsuVMSReader
    - loci.formats.in.HISReader
    - loci.formats.in.HitachiReader
    - loci.formats.in.HRDGDFReader
    - loci.formats.in.I2IReader
    - loci.formats.in.ICSReader
    - loci.formats.in.IM3Reader
    - loci.formats.in.ImagicReader
    - loci.formats.in.ImarisReader
    - loci.formats.in.IMODReader
    - loci.formats.in.ImspectorReader
    - loci.formats.in.InCell3000Reader
    - loci.formats.in.InCellReader
    - loci.formats.in.INRReader
    - loci.formats.in.InveonReader
    - loci.formats.in.IPLabReader
    - loci.formats.in.IPWReader
    - loci.formats.in.IvisionReader
    - loci.formats.in.JDCEReader
    - loci.formats.in.JEOLReader
    - loci.formats.in.JPEG2000Reader
    - loci.formats.in.JPXReader
    - loci.formats.in.KhorosReader
    - loci.formats.in.KLBReader
    - loci.formats.in.KodakReader
    - loci.formats.in.L2DReader
    - loci.formats.in.LeicaReader
    - loci.formats.in.LiFlimReader
    - loci.formats.in.LIFReader
    - loci.formats.in.LIMReader
    - loci.formats.in.LeicaMicrosystemsMetadata.LMSFileReader
      - loci.formats.in.LOFReader
      - loci.formats.in.XLEFReader
    - loci.formats.in.MIASReader
    - loci.formats.in.MicroCTReader
    - loci.formats.in.MicromanagerReader
    - loci.formats.in.MINCReader
    - loci.formats.in.MolecularImagingReader
    - loci.formats.in.MRCReader
    - loci.formats.in.MRWReader
    - loci.formats.in.NAFReader
    - loci.formats.in.NDPISReader
    - loci.formats.in.NiftiReader
    - loci.formats.in.NRRDReader
    - loci.formats.in.OBFReader
    - loci.formats.in.OIRReader
    - loci.formats.in.OlympusTileReader
    - loci.formats.in.OMEXMLReader
    - loci.formats.in.OpenlabRawReader
    - loci.formats.in.OpenlabReader
    - loci.formats.in.OperettaReader
    - loci.formats.in.OxfordInstrumentsReader
    - loci.formats.in.PCIReader
    - loci.formats.in.PCORAWReader
    - loci.formats.in.PCXReader
    - loci.formats.in.PDSReader
    - loci.formats.in.PerkinElmerReader
    - loci.formats.in.PGMReader
    - loci.formats.in.PictReader
    - loci.formats.in.PovrayReader
    - loci.formats.in.PQBinReader
    - loci.formats.in.PrairieReader
    - loci.formats.in.PSDReader
    - loci.formats.in.QTReader
    - loci.formats.in.QuesantReader
    - loci.formats.in.RHKReader
    - loci.formats.in.SBIGReader
    - loci.formats.in.ScanrReader
    - loci.formats.in.SDTReader
    - loci.formats.in.SeikoReader
    - loci.formats.in.SIFReader
    - loci.formats.in.SlideBook7Reader
    - loci.formats.in.SlidebookReader
    - loci.formats.in.SMCameraReader
    - loci.formats.in.SPCReader
    - loci.formats.in.SPEReader
    - loci.formats.in.SpiderReader
    - loci.formats.SubResolutionFormatReader
      - loci.formats.in.DicomReader
      - loci.formats.in.ImarisHDFReader
      - loci.formats.in.MinimalTiffReader
        
        loci.formats.in.BaseTiffReader
        
        loci.formats.in.DNGReader
        
        loci.formats.in.FEITiffReader
        
        loci.formats.in.FluoviewReader
        
        loci.formats.in.GelReader
        
        loci.formats.in.ImaconReader
        
        loci.formats.in.ImarisTiffReader
        
        loci.formats.in.ImprovisionTiffReader
        
        loci.formats.in.IonpathMIBITiffReader
        
        loci.formats.in.JPKReader
        
        loci.formats.in.LeicaSCNReader
        
        loci.formats.in.LEOReader
        
        loci.formats.in.MetamorphReader
        
        loci.formats.in.MetamorphTiffReader
        
        loci.formats.in.NDPIReader
        
        loci.formats.in.NikonElementsTiffReader
        
        loci.formats.in.NikonReader
        
        loci.formats.in.NikonTiffReader
        
        loci.formats.in.PhotoshopTiffReader
        
        loci.formats.in.PyramidTiffReader
        
        loci.formats.in.SEQReader
        
        loci.formats.in.SimplePCITiffReader
        
        loci.formats.in.SISReader
        
        loci.formats.in.SlidebookTiffReader
        
        loci.formats.in.SVSReader
        
        loci.formats.in.MikroscanTiffReader
        
        loci.formats.in.TiffReader
        
        loci.formats.in.TrestleReader
        
        loci.formats.in.VectraReader
        
        loci.formats.in.VentanaReader
      - loci.formats.in.ND2Reader
      - loci.formats.in.OMETiffReader
    - loci.formats.in.TargaReader
    - loci.formats.in.TCSReader
    - loci.formats.in.TecanReader
    - loci.formats.in.TextReader
    - loci.formats.in.TileJPEGReader
    - loci.formats.in.TillVisionReader
    - loci.formats.in.TissueFAXSReader
    - loci.formats.in.TopometrixReader
    - loci.formats.in.UBMReader
    - loci.formats.in.UnisokuReader
    - loci.formats.in.VarianFDFReader
    - loci.formats.in.VeecoReader
    - loci.formats.in.VGSAMReader
    - loci.formats.in.VisitechReader
    - loci.formats.in.VolocityClippingReader
    - loci.formats.in.VolocityReader
    - loci.formats.in.WATOPReader
    - loci.formats.WrappedReader
      - loci.formats.in.FilePatternReader
    - loci.formats.in.ZeissCZIReader
    - loci.formats.in.ZeissLMSReader
    - loci.formats.in.ZeissLSMReader
    - loci.formats.in.ZeissXRMReader
    - loci.formats.in.ZipReader
- loci.formats.in.FV1000Reader.ChannelData
- loci.formats.in.FV1000Reader.PlaneData
- loci.formats.in.GatanReader.ROIShape
- loci.formats.in.IM3Reader.IM3Record
  - loci.formats.in.IM3Reader.BooleanIM3Record
  - loci.formats.in.IM3Reader.ContainerRecord
  - loci.formats.in.IM3Reader.FloatIM3Record
  - loci.formats.in.IM3Reader.IntIM3Record
  - loci.formats.in.IM3Reader.StringIM3Record
- loci.formats.in.IM3Reader.Spectrum
- loci.formats.in.InCellReader.Image
- java.io.InputStream (implements java.io.Closeable)
  - loci.formats.in.APNGReader.PNGInputStream
- loci.formats.in.JDCEReader.PlaneMetadata
- loci.formats.in.JPEG2000MetadataParser
- loci.formats.in.LeicaHandler.Channel
- loci.formats.in.LeicaHandler.Detector
- loci.formats.in.LeicaHandler.Laser
- loci.formats.in.LeicaHandler.MultiBand
- loci.formats.in.LeicaHandler.ROI
- loci.formats.in.LeicaReader.Detector
- loci.formats.in.LeicaSCNReader.Dimension
- loci.formats.in.LeicaSCNReader.Image
- loci.formats.in.LeicaSCNReader.ImageCollection
- loci.formats.in.LeicaSCNReader.Pixels
- loci.formats.in.LiFlimReader.ROI
- loci.formats.in.LIFReader.MemoryBlock
- loci.formats.in.LIFReader.ROI
- loci.formats.in.LIPixelFormat
- loci.formats.in.MetamorphTiffReader.NumericComparator (implements java.util.Comparator<T>)
- loci.formats.in.MetamorphTiffReader.Well
- loci.formats.in.MIASReader.AnalysisFile
- loci.formats.in.MicromanagerReader.Index
- loci.formats.in.MicromanagerReader.Position
- loci.formats.in.MNGReader.SeriesInfo
- loci.formats.in.ND2Reader.ChunkMapEntry
- loci.formats.in.OBFReader.Stack
- loci.formats.in.OBFReader.State
- loci.formats.in.OIRReader.Channel
- loci.formats.in.OIRReader.CZTKey
- loci.formats.in.OIRReader.Detector
- loci.formats.in.OIRReader.Laser
- loci.formats.in.OIRReader.Objective
- loci.formats.in.OIRReader.PixelBlock
- loci.formats.in.OlympusTileReader.Tile (implements java.lang.Comparable<T>)
- loci.formats.in.OMETiffReader.OMETiffPlane
- loci.formats.in.OMEXMLReader.BinData
- loci.formats.in.OpenlabReader.PlaneInfo
- loci.formats.in.OperettaReader.Channel
- loci.formats.in.OperettaReader.Plane
- loci.formats.in.PerkinElmerReader.PixelsFile
- loci.formats.in.PrairieMetadata
- loci.formats.in.PrairieMetadata.Frame
- loci.formats.in.PrairieMetadata.PFile
- loci.formats.in.PrairieMetadata.Sequence
- loci.formats.in.PrairieMetadata.ValueItem (implements loci.formats.in.PrairieMetadata.Value)
- loci.formats.in.SDTInfo
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.CCompressionBase
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.CImageData
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.CImageGroup.CAnnotations
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.CImageGroup.CAuxDoubleData
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.CImageGroup.CAuxFloatData
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.CImageGroup.CAuxSInt32Data
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.CImageGroup.CAuxSInt64Data
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.CImageGroup.CAuxXmlData
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.CImageGroup.CMaskPositions
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.ClassDecoder
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CAlignManipRecord70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CAnnotation70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CChannelDef70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CChannelRecord70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CCube
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CCubeAnnotation70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CDataTableHeaderRecord70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CExposureRecord70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CFluorDef70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CFRAPRegionAnnotation70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CFRETManipRecord70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CHistogramRecord70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CImageGroup
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CImageRecord70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CLensDef70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CMainViewRecord70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CMaskRecord70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.COptovarDef70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CRatioManipRecord70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CRemapChannelLUT70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CRemapManipRecord70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CRemapPoint
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CSlideRecord70
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.CUnknownAnnotation70
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.CNpyHeader
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.CSBFile70
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.CSBPoint<T>
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.DataLoader
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.IntIntPair
- loci.formats.in.SlideBook7Reader.StrIntPair
- loci.formats.in.SPEReader.SpeHeader
- loci.formats.in.SPEReader.SpeROI
- loci.formats.in.TecanReader.Channel
- loci.formats.in.TecanReader.Image
- loci.formats.in.TissueFAXSReader.Channel
- loci.formats.in.TissueFAXSReader.ScanRegion
- loci.formats.in.VentanaReader.AreaOfInterest
- loci.formats.in.VentanaReader.Overlap (implements java.lang.Comparable<T>)
- loci.formats.in.VentanaReader.TIFFTile
- loci.formats.in.VolocityReader.Stack
- loci.formats.internal.WellContainer (implements java.lang.Comparable<T>)
  - loci.formats.in.JDCEReader.JDCEWell
- loci.formats.in.XLEFReader.PathComparator (implements java.util.Comparator<T>)
- loci.formats.in.ZeissCZIReader.AttachmentEntry
- loci.formats.in.ZeissCZIReader.Channel
- loci.formats.in.ZeissCZIReader.Coordinate
- loci.formats.in.ZeissCZIReader.DimensionEntry
- loci.formats.in.ZeissCZIReader.DirectoryEntry
- loci.formats.in.ZeissCZIReader.Segment
  - loci.formats.in.ZeissCZIReader.Attachment
  - loci.formats.in.ZeissCZIReader.AttachmentDirectory
  - loci.formats.in.ZeissCZIReader.Directory
  - loci.formats.in.ZeissCZIReader.FileHeader
  - loci.formats.in.ZeissCZIReader.Metadata
  - loci.formats.in.ZeissCZIReader.SubBlock
- loci.formats.in.ZeissLSMReader.SubBlock
  - loci.formats.in.ZeissLSMReader.BeamSplitter
  - loci.formats.in.ZeissLSMReader.DataChannel
  - loci.formats.in.ZeissLSMReader.DetectionChannel
  - loci.formats.in.ZeissLSMReader.IlluminationChannel
  - loci.formats.in.ZeissLSMReader.Laser
  - loci.formats.in.ZeissLSMReader.Marker
  - loci.formats.in.ZeissLSMReader.Recording
  - loci.formats.in.ZeissLSMReader.Timer
  - loci.formats.in.ZeissLSMReader.Track
- loci.formats.in.ZeissTIFFHandler.Plane
- loci.formats.in.ZeissTIFFHandler.Scaling
- loci.formats.in.ZeissTIFFHandler.Scaling.Dimension
- loci.formats.in.ZeissTIFFHandler.Tag
- loci.formats.in.ZeissTIFFHandler.TagSet
- loci.formats.in.ZeissTIFFReader.Plane
- loci.formats.in.ZeissTIFFReader.TIFFInfo

Interface Hierarchy

loci.formats.in.AmiraReader.PlaneReader
loci.formats.in.MetadataOptions
loci.formats.in.PrairieMetadata.Value

Enum Class Hierarchy

java.lang.Object
- java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.lang.constant.Constable, java.io.Serializable)
  - loci.formats.in.BaseZeissReader.Charset
  - loci.formats.in.BaseZeissReader.Context
  - loci.formats.in.BaseZeissReader.DrawStyle
  - loci.formats.in.BaseZeissReader.FeatureType
  - loci.formats.in.BaseZeissReader.FillStyle
  - loci.formats.in.BaseZeissReader.LineEndPositions
  - loci.formats.in.BaseZeissReader.LineEndStyle
  - loci.formats.in.BaseZeissReader.PointStyle
  - loci.formats.in.BaseZeissReader.TextAlignment
  - loci.formats.in.LOFReader.MetadataSource
  - loci.formats.in.MetadataLevel
  - loci.formats.in.SlideBook7Reader.EGraphicType
  - loci.formats.in.SPEReader.SpeHeaderEntry
  - loci.formats.in.SPEReader.SpeHeaderType

Hierarchy For Package loci.formats.in

Class Hierarchy

Interface Hierarchy

Enum Class Hierarchy