Package loci.plugins.in

Class ImporterOptions

java.lang.Object
loci.plugins.prefs.OptionsList
loci.plugins.in.ImporterOptions
public class ImporterOptions extends OptionsList
Helper class for managing Bio-Formats Importer options. Gets default parameter values from IJ_Prefs.txt.

  • Field Details

  • Constructor Details

  • Method Details

    • parseArg

      public void parseArg(String arg)
      Parses the plugin argument for parameter values.

    • checkObsoleteOptions

      public void checkObsoleteOptions()
      Handles obsolete macro keys, for backward compatibility.

    • getAutoscaleInfo

      public String getAutoscaleInfo()

    • isAutoscale

      public boolean isAutoscale()

    • setAutoscale

      public void setAutoscale(boolean b)

    • getColorModeInfo

      public String getColorModeInfo()

    • getColorMode

      public String getColorMode()

    • getColorModes

      public String[] getColorModes()

    • isColorModeDefault

      public boolean isColorModeDefault()

    • isColorModeComposite

      public boolean isColorModeComposite()

    • isColorModeColorized

      public boolean isColorModeColorized()

    • isColorModeGrayscale

      public boolean isColorModeGrayscale()

    • isColorModeCustom

      public boolean isColorModeCustom()

    • setColorMode

      public void setColorMode(String s)

    • getConcatenateInfo

      public String getConcatenateInfo()

    • isConcatenate

      public boolean isConcatenate()

    • setConcatenate

      public void setConcatenate(boolean b)

    • getCropInfo

      public String getCropInfo()

    • doCrop

      public boolean doCrop()

    • setCrop

      public void setCrop(boolean b)

    • getFirstTimeInfo

      public String getFirstTimeInfo()

    • isFirstTime

      public boolean isFirstTime()

    • setFirstTime

      public void setFirstTime(boolean b)

    • getForceThumbnailsInfo

      public String getForceThumbnailsInfo()

    • isForceThumbnails

      public boolean isForceThumbnails()

    • setForceThumbnails

      public void setForceThumbnails(boolean b)

    • getGroupFilesInfo

      public String getGroupFilesInfo()

    • isGroupFiles

      public boolean isGroupFiles()

    • setGroupFiles

      public void setGroupFiles(boolean b)

    • getUngroupFilesInfo

      public String getUngroupFilesInfo()

    • isUngroupFiles

      public boolean isUngroupFiles()

    • setUngroupFiles

      public void setUngroupFiles(boolean b)

    • getIdInfo

      public String getIdInfo()

    • getId

      public String getId()

    • setId

      public void setId(String s)

    • getLocationInfo

      public String getLocationInfo()

    • getLocation

      public String getLocation()

    • getLocations

      public String[] getLocations()

    • isLocal

      public boolean isLocal()

    • isHTTP

      public boolean isHTTP()

    • isOMERO

      public boolean isOMERO()

    • setLocation

      public void setLocation(String s)

    • getOpenAllSeriesInfo

      public String getOpenAllSeriesInfo()

    • openAllSeries

      public boolean openAllSeries()

    • setOpenAllSeries

      public void setOpenAllSeries(boolean b)

    • getQuietInfo

      public String getQuietInfo()

    • isQuiet

      public boolean isQuiet()

    • setQuiet

      public void setQuiet(boolean b)

    • getShowMetadataInfo

      public String getShowMetadataInfo()

    • isShowMetadata

      public boolean isShowMetadata()

    • setShowMetadata

      public void setShowMetadata(boolean b)

    • getShowOMEXMLInfo

      public String getShowOMEXMLInfo()

    • isShowOMEXML

      public boolean isShowOMEXML()

    • setShowOMEXML

      public void setShowOMEXML(boolean b)

    • getShowROIsInfo

      public String getShowROIsInfo()

    • showROIs

      public boolean showROIs()

    • setShowROIs

      public void setShowROIs(boolean b)

    • getROIsModeInfo

      public String getROIsModeInfo()

    • getROIsMode

      public String getROIsMode()

    • getROIsModes

      public String[] getROIsModes()

    • setROIsMode

      public void setROIsMode(String s)

    • getSpecifyRangesInfo

      public String getSpecifyRangesInfo()

    • isSpecifyRanges

      public boolean isSpecifyRanges()

    • setSpecifyRanges

      public void setSpecifyRanges(boolean b)

    • getSplitFocalPlanesInfo

      public String getSplitFocalPlanesInfo()

    • isSplitFocalPlanes

      public boolean isSplitFocalPlanes()

    • setSplitFocalPlanes

      public void setSplitFocalPlanes(boolean b)

    • getSplitTimepointsInfo

      public String getSplitTimepointsInfo()

    • isSplitTimepoints

      public boolean isSplitTimepoints()

    • setSplitTimepoints

      public void setSplitTimepoints(boolean b)

    • getSplitChannelsInfo

      public String getSplitChannelsInfo()

    • isSplitChannels

      public boolean isSplitChannels()

    • setSplitChannels

      public void setSplitChannels(boolean b)

    • getStackFormatInfo

      public String getStackFormatInfo()

    • getStackFormat

      public String getStackFormat()

    • getStackFormats

      public String[] getStackFormats()

    • isViewNone

      public boolean isViewNone()

    • isViewStandard

      public boolean isViewStandard()

    • isViewHyperstack

      public boolean isViewHyperstack()

    • isViewBrowser

      public boolean isViewBrowser()

    • isViewImage5D

      public boolean isViewImage5D()

    • isViewView5D

      public boolean isViewView5D()

    • setStackFormat

      public void setStackFormat(String s)

    • getStackOrderInfo

      public String getStackOrderInfo()

    • getStackOrder

      public String getStackOrder()

    • getStackOrders

      public String[] getStackOrders()

    • setStackOrder

      public void setStackOrder(String s)

    • getSwapDimensionsInfo

      public String getSwapDimensionsInfo()

    • isSwapDimensions

      public boolean isSwapDimensions()

    • setSwapDimensions

      public void setSwapDimensions(boolean b)

    • getUpgradeCheckInfo

      public String getUpgradeCheckInfo()

    • doUpgradeCheck

      public boolean doUpgradeCheck()

    • setUpgradeCheck

      public void setUpgradeCheck(boolean b)

    • getVirtualInfo

      public String getVirtualInfo()

    • isVirtual

      public boolean isVirtual()

    • setVirtual

      public void setVirtual(boolean b)

    • getWindowlessInfo

      public String getWindowlessInfo()

    • isWindowless

      public boolean isWindowless()

    • setWindowless

      public void setWindowless(boolean b)

    • getStitchTilesInfo

      public String getStitchTilesInfo()

    • doStitchTiles

      public boolean doStitchTiles()

    • setStitchTiles

      public void setStitchTiles(boolean b)

    • getMustGroupInfo

      public String getMustGroupInfo()

    • doMustGroup

      public boolean doMustGroup()

    • setMustGroup

      public void setMustGroup(boolean b)

    • isSeriesOn

      public boolean isSeriesOn(int s)

    • setSeriesOn

      public void setSeriesOn(int s, boolean value)

    • clearSeries

      public void clearSeries()

    • getInputOrder

      public String getInputOrder(int s)

    • setInputOrder

      public void setInputOrder(int s, String value)

    • getCBegin

      public int getCBegin(int s)

    • setCBegin

      public void setCBegin(int s, int value)

    • getCEnd

      public int getCEnd(int s)

    • setCEnd

      public void setCEnd(int s, int value)

    • getCStep

      public int getCStep(int s)

    • setCStep

      public void setCStep(int s, int value)

    • getZBegin

      public int getZBegin(int s)

    • setZBegin

      public void setZBegin(int s, int value)

    • getZEnd

      public int getZEnd(int s)

    • setZEnd

      public void setZEnd(int s, int value)

    • getZStep

      public int getZStep(int s)

    • setZStep

      public void setZStep(int s, int value)

    • getTBegin

      public int getTBegin(int s)

    • setTBegin

      public void setTBegin(int s, int value)

    • getTEnd

      public int getTEnd(int s)

    • setTEnd

      public void setTEnd(int s, int value)

    • getTStep

      public int getTStep(int s)

    • setTStep

      public void setTStep(int s, int value)

    • getCropRegion

      public loci.common.Region getCropRegion(int s)

    • setCropRegion

      public void setCropRegion(int s, loci.common.Region r)

    • getCustomColor

      public Color getCustomColor(int s, int c)

    • setCustomColor

      public void setCustomColor(int s, int c, Color color)

    • getDefaultCustomColor

      public Color getDefaultCustomColor(int c)

    • getCustomColorKey

      public String getCustomColorKey(int s, int c)

    • isUsingPatternIds

      public boolean isUsingPatternIds()

    • setUsingPatternIds

      public void setUsingPatternIds(boolean b)

    • set

      private <T> void set(List<T> list, int index, T value, T fillValue)

    • get

      private <T> T get(List<T> list, int index, T defaultValue)

    • checkKey

      protected boolean checkKey(String options, String key)
      Tests whether the given boolean key is set in the specified options.